大家都知道，微生物菌肥的核心是有效功能活菌数，即“有工作能力”的“活体”菌种数量，而不是一般的含有多少菌数。换句话说，菌肥有菌不一定是好肥，必须施入土壤中是活性的，才能发挥菌肥的作用。
微生物菌肥用在各种作物上主要具有以下五大功能
1、促进经济作物的增产增收。可使经济作物增产15%以上，大田农作物增产10%以上。
2、提高土壤肥力。活化土壤，减少养分的流失，改良土壤结构，维持营养均衡，减轻污染。
3、增强抗逆性。提供微量元素，刺激作物根系生长发育，增强抗病抗旱抗寒能力。
4、促进经济作物早熟高产，降低成本。促使品质提高，成熟期提早，废果、残次果大大减少，商品率成品率提高。
5、降本增效。能减少20%左右普通化肥用量，提高化肥利用率降低成本。
菌肥保质有期限
大部分菌肥必须保存在低温（适温度4℃～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒温箱内，这类菌肥的有效期通常只有一年；一些芽孢杆菌肥的保质期与生产工艺水平高低有关，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平不高的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品及其保存环境。
即便是微生物菌肥所含菌种数量很高，因为菌种活性是有一定时间限制的，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
避免导致菌种死亡
微生物菌肥施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，采用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，对防治、都有效，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
创造菌种适繁环境
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能。为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。微生物菌肥中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用微生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在施用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。
微生物菌肥用于农作物蔬菜果树花卉等作物上，不仅能大幅度提高农作物产量，而且能够逐步化肥污染，降低硝酸盐含量，提高蔬菜的品质，为无公害蔬菜生产创造了条件。然而，随着越来越多的用户认识到生物菌肥在蔬菜生产上的重要性，生产中很多用户表现出了过分地依赖和使用菌肥的情况，并逐渐进入使用误区。
使用微生物菌肥常见误区
1.为图方便，习惯与化学农药混用，降低活性
微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
2.轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
3.使用方法和时间掌握不当
微生物肥料使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。
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有效活性菌数≥10亿/克
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